В 1-м сезоне сериала «СМЕРШ. 3» действие происходит в 1944 году. Руководство Германии собирается воплотить в жизнь план, который позволит гитлеровцам добиться перелома и уничтожить СССР. В этом задействована немецкая разведка, их агенты не остановятся ни перед чем. В центре событий оказываются два капитана советской контрразведки «СМЕРШ» («Смерть шпионам»!») Костя Лавров и Паша Семенов. Они способны выполнить самые сложные задачи руководства по противодействию немецким захватчикам.