В 1 сезоне сериала «Черная лагуна» события разворачиваются в школе, находящейся вблизи древнего монастыря. Учебное заведение окружают горы и леса, а добраться до сюда из внешнего мира практически невозможно. Учителям бывает нелегко справляться с бунтующими подростками, в которых периодически пробуждается дух протеста. Ребята живут в условиях строжайшего контроля и суровых правил, установленных наставниками, задача которых - интегрировать своих подопечных в общество. Окружающий лес хранит в себе много тайн и угроз. Вскоре дети захотят раскрыть загадку этого места, после чего столкнутся с удивительными и пугающими явлениями.