В 3 сезоне сериала «Подводная лодка» действие разворачивается во время Второй мировой войны. Приключения членов экипажа немецкой подводной лодки U-612 продолжаются. В новом сезоне молодые бойцы принимают участие в напряженной схватке за Атлантику. Они отправляются с опасной миссией в Южное полушарие. Возглавляет команду Роберт Эренберг, переживающий личную драму. Он встретился с семьей, которую, как ему казалось, потерял навсегда. В это время экипаж подвергается преследованиям одержимого командующего Королевским флотом. Герои играют с ним в кошки-мышки. Хаген Форстер узнает о заговоре с целью украсть военное золото.