В 11 сезоне сериала «Секретные материалы» продолжаются события, которые неожиданным для всех образом прервались в конце предыдущего сезона. Фокс Малдер и Дана Скалли все еще не теряют надежды и продолжают поиски своего исчезнувшего сына Уильяма. При этом они успевают раскрыть несколько загадочных дел, уличить монстров и последователей чудовищных культов. Тем временем заместителя директора Федерального бюро расследований Скиннера преследуют тени из его прошлого. Агенты сталкиваются с чередой загадочных смертей. Жертвы приняли смерть от рук своих собственных детей. Малдер и Скалли попадают к близнецам, которые ведут опасную игру.