Во 2 сезоне сериала «Война миров» с момента последних событий проходит около четырех месяцев. Все выжившие люди формируют новое сообщество, получившее название «Сопротивление». В ходе своих научных исследований Билл делает важное открытие о геноме инопланетных захватчиков. Тем временем к его группе присоединяется девушка по имени Эмили, которая долгое время провела на корабле инопланетян. Билл хочет использовать свое биологическое оружие на девушке, она соглашается, но впоследствии испытывает неприятные побочные эффекты. Кэтрин и остальные готовятся к финальной атаке пришельцев, но победить их удастся только с помощью исследований Билла...